En 1973, un grup d'amants de la naturalesa, i especialment de les aus, van decidir crear una petita associació a Balears per a fomentar el seu coneixement i conservació. Amb el temps, aquells entusiastes van descobrir que per a preservar les aus calia cuidar també el seu entorn.

Eren els anys del boom turístic, i es feia necessària una resposta organitzada per part de la societat civil, per evitar que l'enlluernament  pel negoci ràpid pogués posar en perill valors naturals únics.

Als anys 80 comencen campanyes històriques de protecció d'espais naturals amenaçats, i que avui són parcs naturals o espais protegits, sota els quals es fonamenta l'èxit i la promoció turística de les Illes. El GOB d'aquells anys estava creixent, multiplicant el seu nombre de socis, i desenvolupant diferents programes (educació ambiental, biodiversitat, ordenació del territori, tasca jurídica) que no són més que estratègies combinades per a respondre a la cada vegada més complexa realitat, sense deixar de servir als fins originals: assegurar la conservació del patrimoni natural.El GOB és avui una entitat professionalitzada, amb més de 35 treballadors, oficines en cadascuna de les Illes i amb més de 7000 socis, que garanteixen la seva independència i rigor.

Tasques com estudis, projectes de conservació, gestió d'una finca-model a la Serra de Tramuntana, presència en més de 60 organismes de consulta i gestió, educació ambiental per a escolars i per a la societat en general, campanyes de sensibilització, etc., són un conjunt de línies de treball que han contribuït de manera decisiva a aconseguir èxits com la declaració de 7 Parcs Naturals, un Parc Nacional, l'aprovació de la Llei d'Espais Naturals (1991), la preservació de més de 20 enclavaments en el litoral balear, i d'espècies emblemàtiques com la milana o l’àguila peixatera, així com un grau de conscienciació ambiental de la societat entorn de la reducció d'impactes de l'activitat humana a Balears.

El GOB ha rebut diferents reconeixements, com el Premi Internacional DRV de 1990, el Premi Internacional TUI de 1996/97, el Premi Nacional de Medi ambient de 1997, la Medalla d'Or de les Illes Balears de 2002, i el Premi Ones Mediterrània 2006. L'any 2007, el GOB va rebre el “Premio a las actuaciones en conservación de la biodiversidad”, atorgat per la Fundació BBVA, un premi de caràcter internacional de gran prestigi en la seva II edició.