Al llarg de l’any el GOB organitza, coordina o participa en els diferents programes de seguiment d’aus que es duen a terme a Balears a través dels censos i recomptes anuals i on participa de forma molt activa el voluntariat ornitològic. Els censos i recomptes són molt diversos i poden estar coordinats per organismes autonòmics, estatals o internacionals. Alguns d’ells tenen una periodicitat anual i d’altres es realitzen més puntualment.
El més antic i el que té més alta participació d’ornitòlegs és el Recompte d’aus aquàtiques hivernants posat en marxa a mitjans dels anys 80 pel GOB amb la col•laboració de l’administració. Primer a s’Albufera de Mallorca i s’Albufera d’Es Grau a Menorca, i posteriorment s’anaren incorporant noves zones humides. A partir de 1990 els censos es fan de forma continuada, abasten totes les illes i altres entitats ornitològiques com la Societat Ornitològica de Menorca (SOM) i l’Equip de Natura (GEN/GOB-Eivissa) participen en la coordinació i compilació de dades de camp. Actualment, es censen unes 65 localitats, entre ecosistemes aquàtics naturals i medis artificials, com ara depuradores i embassaments. Els censos d’aus aquàtiques hivernants de Balears s’emmarquen dins el programa internacional de censos (IWC, International Waterbird Census) que coordina l’organització global Wetlands International des de 1967. SEO/ BirdLife és l’entitat que s’encarrega de la recopilació dels censos que s’efectuen a Espanya i qui integra posteriorment la informació a la base de dades de Wetlands International, organització que recopila totes les dades d’aus aquàtiques hivernants a escala internacional. Fins al dia d’avui, el resultat local d’aquest cens es publica a l’Anuari Ornitològics de les Balears, a la vegada que les dades obtingudes s’integren al recompte total nacional recollit a altres publicacions. És summament important el seguiment d’aus aquàtiques hivernants com a instrument fonamental per a la valoració dels ecosistemes aquàtics. Els efectius poblacionals d’aus aquàtiques hivernants són emprats pel Conveni RAMSAR com un dels criteris per a la declaració de zones humides d’importància Internacional. També són emprats per BirdLife International per a la identificació d’Àrees Importants per a la Conservació de les Aus (IBA) i per la Unió Europea per a la declaració de Zones d’Especial Protecció per a les Aus (ZEPA). Aquests seguiments també són emprats com un indicador de l’evolució de l’estat de conservació de les zones humides i ofereixen informació per a la presa de mesures de gestió necessàries per a la preservació d’aquests ecosistemes.
Altres censos i recomptes duits a terme a les Illes : Cens de milanes (Milvus milvus) als dormidors, cens de grues (Grus grus), recompte de voltor negre (Aegypius monachus) i voltor lleonat (Gyps fulvus), cens d’Arpella ( Circus aeruginosus)…Entre molts altres.
També es participa als programes de seguiment de les poblacions de virot petit (Puffinus mauretanicus) i virot gros (Calonectris diomedea) des de la costa, així com als programes de seguiment de la migració a través de l’anellatge i l’observació.
